Cho đến tận đầu thế kỉ 20, nguồn lợi kinh tế chủ yếu của Puerto Rico vẫn chủ yếu xoay quanh ngành trồng và xuất khẩu mía đường. Thế nhưng đến thập niên 1940, một chính sách kinh tế mới đã được ban hành nhằm thay đổi hoàn toàn cục diện nền kinh tế hòn đảo với sự chuyển mình mạnh mẽ từ nền kinh tế nông nghiệp sang nền kinh tế công nghiệp đa dạng và được chính phủ Mỹ miễn thuế. Kinh tế Puerto Rico thời gian đầu tuy chịu nhiều biến động lớn, đặc biệt là cuộc Đại Khủng hoảng 1929 từ nước Mỹ nhưng sau đó đã phục hồi rất nhanh và hiện là một trong các nước có thu nhập bình quân đầu người cao nhất châu Mỹ.

Tuy nhiên càng về sau, những điểm yếu của nền kinh tế Puerto Rico cũng dần bộc lộ và gây ra nhiều biến động khá lớn. Puerto Rico phải đối mặt với việc các doanh nghiệp chuyển địa điểm sang các nước Mỹ Latinh khác có giá nhân công rẻ hơn. Tình trạng kinh tế khó khăn giữa các cuộc khủng hoảng kinh tế khiến người dân Puerto Rico có chiều hướng di dân ra nước ngoài, đặc biệt là tới Mỹ để tìm kiếm công việc tốt hơn. Đặc biệt vào năm 2006, Puerto Rico diễn ra cuộc khủng hoảng ngân quỹ trầm trọng khiến nhiều cơ quan chính phủ và 1536 trường công phải đóng cửa, gần 96 000 người bị cho nghỉ việc. Những chính sách thuế mới sau đó đã giẩi quyết cuộc khủng hoảng này nhưng vẫn còn nhiều thách thức khó khắc phục. Vài năm trở lại đây, Puerto Rico rơi vào tình trạng suy giảm kinh tế. Nếu như năm 2006, mức tăng GDP còn ở mức 0,5% thì đến năm 2007 xuống còn -1,8%, năm 2008 xuống đến -2%.[21]

Ngày nay Puerto Rico là một quốc gia có nền kinh tế cơ cấu hiện đại với nông nghiệp chỉ chiếm 1%, công nghiệp chiếm 45% và dịch vụ chiếm 54%. Ngành trồng mía đường nay đã nhường lại cho ngành chăn nuôi lấy sản phẩm từ thịt và sữa. Công nghiệp của Puerto Rico phát triển đa dạng và nhấn mạnh các ngành hóa dầu, dược phẩm và khoa học công nghệ. Du lịch là một trong những ngành dịch vụ chủ đạo của Puerto Rico với việc nước này đón tiếp 5,9 triệu lượt du khách vào năm 2007, đem lại một nguồn doanh thu lớn cho hòn đảo. Nhiều khách sạn, các khu nghỉ dưỡng, trung tâm hội thảo lớn như Trung tâm Hội nghị Puerto Rico được xây dựng đã tận dụng triệt để ưu thế du lịch của đất nước tươi đẹp này.

Tuy gặp nhiều khó khăn trong những năm gần đây, song Puerto Rico vẫn là một trong những nền kinh tế phát triển nhất khu vực Mỹ Latinh. Puerto Rico là một trong những đầu tàu kinh tế vùng Caribbean cùng với Cuba và Cộng hòa Dominicana, và Ngân hàng Thế giới xếp Puerto Rico vào nhóm các nước có thu nhập bình quân cao[22]. Năm 2007, thu nhập bình quân của nước này là 19.600 USD[23], tuy nhiên vẫn còn thua nếu so với bang nghèo nhất của nước Mỹ là Mississippi với thu nhập 24.062 USD. Tỉ lệ thất nghiệp của Puerto Rico cũng ở mức khá cao 11,7%, trong khi bang thất nghiệp nhiều nhất nước Mỹ là Michigan có tỉ lệ 7,7% và mức trung bình của nước Mỹ là 4,4%[24]. Năm 1998, Chỉ số Phát triển Con người của Puerto Rico đạt 0,942 điểm, con số cao nhất vùng Mỹ Latinh.

Hiện tại (2016), GDP của Puerto Rico đạt 100,852 tỉ USD, lớn thứ 61 thế giới và lớn thứ 8 khu vực Mỹ Latin.